Data - Covidscope

Data

Our complete data sets (meta data, raw count data and integrated count data) can be downloaded below:

You can generate a 10X-like summary report with our metadata after downloading it, using our code here

Category	Subcategory	Description	Raw data	Integrated data
Metadata	-	meta.csv	meta.csv	meta.csv
Count data	Arunachalam_2020	arunachalam	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Bost_2021	bost	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Combat_2022	combat	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Combes_2021	combes	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Lee_2020	lee	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Liu_2021	liu	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Ramaswamy_2021	ramaswamy	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Ren_2021	ren	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Schulte-Schrepping_2020	schulte-schrepping	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Schuurman_2021	schuurman	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Sinha_2022	sinha	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Stephenson_2021	stephenson	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Su_2020	su	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Thompson_2021	thompson	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Unterman_2022	unterman	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Wilk_2021	wilk	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Yao_2021	yao	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Zhao_2021	zhao	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz
	Zhu_2020	zhu	barcodes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz	barcoes.tsv.gz genes.tsv.gz matrix.mtx.gz